Sólo se seleccionan muestras de tumor previas al tratamiento. Las muestras de tumor se obtienen de las clínicas donde se realizan las biopsias o resecciones quirúrgicas de los casos. Las muestras se fijan en formalina fresca tamponada y se engastan en parafina (fresh-buffered formalin and paraffin-embedded (FFPE)) de acuerdo con protocolos estándar. Los bloques de parafina se almacenan en el propio servicio de patología, en condiciones controladas. Solo las láminas necesarias para los análisis serán enviadas al Porter Lab del Fred Hutchinson Cancer Research Center (FHCRC) en Seattle, USA.
Protocolos idénticos son usados para el procesamiento y la selección de bloques de pruebas. Secciones de hematoxilina y eosina (H&E) se realizan en los centros, y la información referente al diagnóstico histológico y las características patológicas del tumor se recogen en formularios estándar por los patólogos del estudio de cada centro. Bajo la dirección de la Dra Porter, y antes del comienzo de las revisiones patológicas, los patólogos del estudio acordaron los criterios diagnósticos y patológicos. Un set de laminillas de tumor mamario se usó para identificar y resolver diferencias en los criterios diagnósticos entre los patólogos.
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