Las características moleculares de las muestras de tumor mamario son analizadas por inmunohistoquímica en finas secciones consecutivas (6 µm). Un conjunto de 6 biomarcadores (ER, PR, HER2, EGFR, CK5, p53, p63 y Ki67) se medirán usando protocolos estandarizados.
Durante el curso del proyecto, se ofrece formación a los centros para los análisis inmunohistoquímicos (IHQ). El FHCRC, de manera centralizada, adquirió, alicuotó y distribuyó los lotes de anticuerpos (incluyendo anticuerpos no específicos para ser usados como controles negativos). Secciones sucesivas de los casos son analizadas en el laboratorio central de patología en FHCRC (proporcionando el "gold standard″) y en los laboratorios de cada centro. Bajo la dirección de la Dra Porter, los diagnósticos patológicos e IHQ se revisan en varios puntos durante el proyecto. Se realizan reuniones de consenso mediante telepatología y compartición de imágenes, así como reuniones presenciales en que muestras teñidas son revisadas y discutidas por todos los patólogos. Globalmente, el objetivo de este procedimiento es capacitar a cada centro para que pueda realizar pruebas diagnósticas e IHQ, asegurando un alto grado de consistencia y comparabilidad entre centros. Esto es crítico para el pronóstico y para evitar retrasos que puedan tener un impacto negativo en decisiones terapéuticas.